Το έργο του Κίρκεγκορ «Ασθένεια Προς Θάνατον» αποτελεί ένα από τα διασημότερα έργα εκείνης της εποχής και παρά το ότι οι αθεϊστές φιλόσοφοι και ψυχολόγοι απορρίπτουν την προτεινόμενη από αυτόν λύση της πίστης, η ανάλυσή του όσον αφορά τη φύση της απόγνωσης είναι μία από τις καλύτερες προσεγγίσεις του θέματος και την ακολούθησαν μεταγενέστερα φιλοσοφικά ρεύματα, όπως η αντίληψη περί υπαρξιακής ενοχής του Χάιντεγκερ και της «κακοπιστίας» (ή κακής πίστης) του Ζαν Πολ Σαρτρ.
Γύρω δε, στο 1848, ο Κίρκεγκορ άρχισε μια έντυπη επίθεση ενάντια στην κρατική Εκκλησία της Δανίας με βιβλία όπως οι «Πρακτικές του Χριστιανισμού», «Περί Αυτοεξέτασης» και «Κρίνετε οι Ίδιοι!», τα οποία αποτελούσαν μέρος της προσπάθειας να καταδειχθεί η αληθινή φύση της Χριστιανοσύνης, με τον Ιησού ως πρότυπη μορφή. Τα ημερολόγιά του, στα οποία περιλαμβάνονται πάνω από 7.000 χιλιάδες χειρόγραφες σελίδες με στοχασμούς, σκέψεις και σχόλια για καθημερινά ζητήματα, έχουν ιδιαίτερη σημασία για την κατανόηση τόσο του ίδιου, όσο και του έργου του.
Ο Κίρκεγκορ έπαιρνε στα σοβαρά τη συγγραφή των ημερολογίων του και μάλιστα, όπως ο ίδιος έγραψε σε καταχώρηση με ημερομηνία 4 Νοεμβρίου 1847 αποτελούσαν τον «πιο αξιόπιστο έμπιστό» του. Συγκεκριμένα έγραψε: «Δεν έχω εκμυστηρευθεί ποτέ σε κανέναν. Ως συγγραφέας, το κοινό είναι κατά μία έννοια ο έμπιστός μου. Αλλά για να τιμήσω τη σχέση μου με το κοινό θα πρέπει, και πάλι, να θεωρήσω ως έμπιστούς μου τις επερχόμενες γενιές. Οι ίδιοι άνθρωποι που γελάνε με κάποιον τη μια στιγμή δεν θα μπορούσαν να γίνουν ταυτόχρονα και έμπιστοί του».
Χαρακτηριστική επίσης είναι και η ημερολογιακή του καταχώρηση τον Δεκέμβριο του 1849 με το εξής περιεχόμενο:
«Μόνο ένας νεκρός μπορεί να τα καταφέρει με την κατάσταση της Δανίας. Η ακολασία, ο φθόνος, το κουτσομπολιό και η μετριότητα επικρατούν παντού. Αν επρόκειτο να πεθάνω τώρα το αποτέλεσμα της ζωής μου θα ήταν εξαιρετικό· πολλά από αυτά που απλά προχειρόγραψα στα ημερολόγιά μου θα γινόταν σημαντικά και θα είχαν μεγάλη επίδραση· διότι τότε οι άνθρωποι θα μπορούσαν να συμφιλιωθούν μαζί μου και να μου εκχωρήσουν αυτό που ήταν, και είναι, δικαίωμά μου».
Αργότερα με τις βολές του κατά της ανεπάρκειας και της διαφθοράς των χριστιανικών Εκκλησιών, πρόλαβε κάποιους άλλους φιλοσόφους, όπως ο Νίτσε, οι οποίοι έμελλε να ασκήσουν κριτική στη χριστιανική θρησκεία.
Ηλίας Κ Μάρκου