Έγραφε στο Ημερολόγιό του ο Κίρκεγκορ (19 Ιουνίου 1852) :
« Ρωτάω: Τι νόημα έχει όταν συνεχίζουμε να συμπεριφερόμαστε σαν να ήταν όλα όπως θα έπρεπε να είναι, αποκαλώντας τους εαυτούς μας Χριστιανούς σύμφωνα με την Καινή Διαθήκη, όταν τα πρότυπα της Καινής Διαθήκης δεν υπάρχουν στη ζωή μας; Την τρομακτική δυσαναλογία που αντιπροσωπεύει αυτή η κατάσταση πραγμάτων την έχουν αντιληφτεί πολλοί. Η μορφή που δίνουν στα πράγματα είναι η εξής: Η ανθρώπινη φυλή έχει ξεπεράσει τον Χριστιανισμό».
Στις 2 Οκτωβρίου 1855, ο Κίρκεγκορ κατέρρευσε στο δρόμο υποφέροντας από παράλυση στα πόδια και μεταφέρθηκε στο νοσοκομείο, ενώ είναι αλήθεια πως η όλη η κατάστασή του είχε επιδεινωθεί εξαιτίας του εκτενούς και κοπιαστικού συγγραφικού του έργου και της συμμετοχής του σε δημόσιες αντιπαραθέσεις.
Στον Εμίλ Μπόεσεν (Emil Boesen), ο οποίος ήταν πάστορας και παιδικός φίλος του και ο οποίος κατέγραφε τις συζητήσεις μαζί του, είχε πει ότι η ζωή του περιλάμβανε μεγάλα και άγνωστα βάσανα, τα οποία έμοιαζαν σε άλλους μάταια αλλά δεν ήταν για εκείνον στην πραγματικότητα.
Στους ελάχιστους δικούς του ανθρώπους που τον επισκέπτονταν, δήλωσε: «Επιθυμώ σφόδρα να πεθάνω αν και δεν έχω τη βεβαιότητα πως πέτυχα να εκπληρώσω την αποστολή μου. Οι άνθρωποι ακούν καλύτερα ό,τι λέγεται από έναν νεκρό παρά από έναν ζωντανό».
Στο διάστημα που παρέμεινε στο νοσοκομείο αρνήθηκε να μεταλάβει από ιερέα της Εκκλησίας, καθώς θεωρούσε τους ιερείς δημόσιους υπαλλήλους και όχι υπηρέτες του Θεού.
Τελικά, πέθανε στο Νοσοκομείο Φρέντερικς μετά από σαράντα μέρες πιθανόν λόγω κάποιας πάθησης στη σπονδυλική στήλη ή σύμφωνα με άλλες πηγές, από πνευμονική λοίμωξη και αποφασίστηκε να γίνει η κηδεία του στον πιο σπουδαίο ναό της Κοπεγχάγης, στον Φρούε Κίρκε (Frue Kirke), την Κυριακή 18 Νοεμβρίου, ώστε να διευκολυνθεί η προσέλευση του κόσμου.
Ηλίας Κ Μάρκου