Ο Καποδίστριας υπήρξε ο μόνος ορθόδοξος πολιτικός μας εξ ολοκλήρου και εις όλα. Λυδία λίθος για την κριτική αποτίμηση των πολιτικών ενεργειών του είναι η εκκλησιαστική πολιτική του, βασικότατο κεφάλαιο στην όλη δραστηριότητά του. Η σύνδεση του εκκλησιαστικού χώρου με την παιδεία στη «γραμματεία» (υπουργείο) των Εκκλησιαστικών και της Δημοσίου Παιδείας συνιστά όχι μόνο ενσυνείδητη εμμονή του Καποδίστρια στο πνεύμα της παραδόσεως που θέλει τους δύο αυτούς χώρους αδιάσπαστα ενωμένους, αλλά και την αντίθεσή του προς το πνεύμα του ευρωπαϊστή Αδαμάντιου Κοραή, ο οποίος με τις καλβινίζουσες προϋποθέσεις του ενέτασσε στο έργο του λειτουργού της Δημόσιας Παιδείας τη «φροντίδα της Αστυνομίας του δικαίου και της θρησκείας».Η οργάνωση, εξάλλου, των καποδιστριακών σχολείων με μελέτη στην «Τράπεζα» πατερικών έργων, κατά το μοναστηριακό σύστημα, φανερώνει τη θέλησή του για τη συντήρηση αυτής της σχέσης. Το ίδιο αποδεικνύει όμως και η αντιμετώπιση από τον Καποδίστρια του ζητήματος της εκκλησιαστικής περιουσίας για την αξιοποίηση και όχι τη διαρπαγή της, κάτι που, δυστυχώς, δεν βρήκε συνέχεια. Η περίπτωση, όμως, εκείνη που τεκμηριώνει αναντίρρητα την παραδοσιακότητα του Καποδίστρια και το ελληνορθόδοξο φρόνημά του είναι η προσπάθειά του να λυθεί κατά ορθόδοξο τρόπο το πρόβλημα της σχέσεως της Ελλάδας με το Οικουμενικό Πατριαρχείο, το εθναρχικό, δηλαδή πολιτικό, κέντρο του ελληνισμού στην εποχή του. Αποβλέποντας στην ενότητα του υπόδουλου και του ελεύθερου Γένους, άνοιξε αλληλογραφία με τον Οικ. Πατριάρχη Κωνστάντιο Α (1830 – 1834), μεθοδεύοντας λύση του ζητήματος μέσα σε πλαίσιο σύμπνοιας και πνευματικής και εθνικής ενότητας.
Μια δε, ιδιαίτερα σημαντική απόφασή του τον Αύγουστο του 1831 φωτίζει καθοριστικά όχι μόνο το φρόνημά του, αλλά και το μαρτυρικό του τέλος. Ο Καποδίστριας βιαζόταν να αποκατασταθεί η σχέση με το Πατριαρχείο, κατά δήλωσή του, «ίνα μη πέση η υπόθεσις εις Φράγκων χείρας και τότε εχάθημεν».
Η δυτική πολιτική επεδίωκε τη βίαιη απόσπαση των επαρχιών της Ρωμαίικης Εθναρχίας και την αυτονόμησή τους για την οριστική διάλυσή της ως συνέχειας της «Βυζαντινής» Αυτοκρατορίας. Ο Ρωμιός Καποδίστριας διαφοροποιούνταν διαμετρικά από τα σχέδια της Ευρώπης για την Ορθόδοξη Ανατολή, αλλά δεν πρόλαβε να δώσει λύση στο πνεύμα της ιστορικοκανονικής παραδόσεως της Ορθοδοξίας, γιατί δολοφονήθηκε.
π. Γεώργιος Μεταλληνός